Tiene como propósito la rectoría del Sector Salud Regional; la identificación y priorización de los problemas regionales de salud, que son abordados conjuntamente mediante la Agenda y el Plan Centroamericano de Salud; la determinación de problemas de salud que debido a su multicausalidad y la trascendencia socioeconómica, requieren ser elevados al conocimiento de la Cumbre de Presidentes para la búsqueda de soluciones intersectoriales así como  el seguimiento, la ejecución y la evaluación de los acuerdos y las resoluciones emanadas de las Cumbres en las que participen los Presidentes de Centroamérica.